光学医療診療部は内視鏡を用いた診断、治療を行う施設、設備とも日本でも有数の内視鏡診療部です。具体的には、上部消化管内視鏡（胃カメラ）、下部消化管内視鏡（大腸内視鏡）、カプセル内視鏡、気管支鏡、腹腔鏡検査とこれらを用いた内視鏡治療を行っています。また、胆のう、胆管や膵臓の病気に対する内視鏡検査や治療を行っています。最新型の細い内視鏡スコープ（経鼻内視鏡など）も装備されましたので、従来より楽に検査が受けられるようになっています。また、中四国で初めてオリンパス社のカプセル内視鏡を導入し、カプセルを飲むだけで小腸が見られるようになりました。
- 消化管内視鏡（胃カメラ、大腸内視鏡）
- 食欲不振、吐き気、嘔吐、腹痛、胸焼け、腹部不快感、便秘、下痢、消化不良、吐血、下血、倦怠感、体重減少、胃のレントゲン検査（胃がん検診）や大腸がん検診で異常を指摘された方。
- カプセル内視鏡
- 原因不明の消化管出血
- 気管支鏡
- 咳、痰、胸部レントゲン異常
- 腹腔鏡
- 各種肝疾患、原因不明の腹水
治療の他に、超音波内視鏡、膵・胆管内超音波検査、胆道内視鏡、膵管鏡、超音波内視鏡下膵生検などの特殊検査を行うことができます。
