Department of Molecular Parasitology
 愛媛大学 大学院・医学系研究科 寄生病原体学分野 リンク

 

当教室でよく使っているウェブベースの解析ソフトなどへのリンク集です。


核酸・蛋白の解析
Reverse-complement 塩基配列の変換
Translation (ExPasy) 塩基配列をアミノ酸配列に変換
Compute pI-Mw (ExPasy) アミノ酸配列からPIと分子量を予測
SignalP v3.0 (CBS)
            v2.0
シグナル配列 (Signal sequence)の予測
Exportomeシグナルの予測は、v2.0の方が感度が良いかも。
TMHMM v2.0 (CBS) 膜貫通領域(Transmembrane domain)を予測
DGPI GPI anchor予測。(java DGPIで走ります)
Big-PI Predictor GPI anchor予測。(マラリアはMetazoanが良いよう?)
The MEME/MAST SYSTEM モチーフ予測・検索。Motif Discovery and Search
SYFPEITHI エピトープ予測。Epitope Prediction
SMART (EMBL) ドメイン構造を予測。Domain Prediction
ClustalW (DDBJ) 配列の比較と系統樹作成。大きいデータはメールで。
      ClustalW (EBI) 大きいデータでも可。多少遅い。
MUSCLE アミノ酸配列アライメント アルゴリズム
GlimmerM (TIGR) 真核細胞生物の遺伝子同定アルゴリズム
GeneSplicer (TIGR) 真核細胞生物DNAのイントロン予想.
JPred 蛋白質二次構造予測アルゴリズム
SWISS-MODEL An Automated Comparative Protein Modelling Server
Logos アミノ酸配列ロゴ作成、Structural RNAロゴ
Pictogram 核酸配列 ピクトグラム作成
Bioedit ABIのシークエンス・データ解析など非常に便利
PrDOS ディスオーダー・オーダー予測
iPDA ディスオーダー・オーダー予測
PAPIAシステム タンパク質の二次構造予測プログラム
NEBcutter V2.0 制限酵素サイトの検索

データベース(ゲノム、マラリア、ハマダラカなど)
Protist DB 原生生物図鑑。生物種としてのアピコンプレクサが勉強できる。
PlasmoDB マラリア・ゲノムデータベース
ToxoDB トキソプラズマ・ゲノムデータベース
  Apicomplexa genome DB アピコンプレクサのゲノムDBのリスト
Malaria BLAST マラリアBLAST(NIH)
In silico gene function predict マラリア原虫のタンパク機能予測アルゴリズム(Winzler Lab)
Anopheles mosquito マラリア媒介蚊について(CDC)
Codon Usage DB 生物種別のコドン使用頻度データベース
REBASE 制限酵素のデータベース(NEB)
NIST Chemistry WebBook 化合物のデータベース
KEGG Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. マラリア関係も良い。

データベース(論文、実験申請など)
Plasmo/Toxo 10D PubMed 10日以内に発表されたマラリア・トキソ関係の論文サーチ
DDBJへのデータ登録 SAKURAシステムを使用します。
遺伝子組換え生物の法律 日本の文科省の遺伝子組換え生物を用いた実験に関する法令
BMBL 4th Edition (CDC) 米国における微生物・医科学研究のバイオセーフティー安全管理規約
カナダ・研究室安全管理室 カナダにおけるバイオセーフティー安全管理規約
ACG (ASTMH) Arthropod Containment Guidelines (節足動物の生物学的実験分類の参考に)

集団遺伝学・遺伝学用ソフト(ダウンロードして使用)
DnaSP 遺伝子多型解析ソフト
MEGA 分子進化遺伝解析ソフト
Arlequin 集団遺伝学データ解析ソフト
GENEPOP 集団遺伝学データ解析ソフト
Map Manager QTX 連鎖解析ソフト
R/QTL 連鎖解析ソフト
QTL cartographer 連鎖解析ソフト
MIKENORA REsearch v2.0 制限酵素部位検索ソフト (第一化学薬品のHPより)

Acknowledgements for the sources.
EMBL, Heidelberg, Denmark SMART
JaMBW (EMBL) Reverse-complement
ExPASySIB, Swiss) Translation, Compute pI-Mw
CBS, Denmark SignalP v2.0, TMHMM v2.0
IMP, Vienna [ref] Big-PI Predictor
DDBJ, Japan ClustalW, データ登録
NCBI, NIH, USA Malaria BLAST, Genetic Cross data, PubMed
New England Biolabs REBASE
カズサDNA研究所 Codon Usaga DB以外も様々な基礎DBあり。
TIGR, Sanger Centre, Stanford Univ, Washington Univ       PlasmoDB, ToxoDB
NIST National Institute of Standards and Technology
Genefinding.org GlimmerM and GeneSplicer
TIGRにある遺伝子解析ソフトの一覧

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